药师如来虽是东方之佛，但广行菩萨道时，曾发利益众生的十二微妙上愿，愿所有闻名受持药师如来名号的有情众生，众病皆除，身心安乐，受用无穷，然后解脱忧苦，证得无上菩提，并依此愿修行而成佛，住在东方净琉璃世界。

药师法门间通显密，注重身心修持以及现世成就，认为所有的身体上的疾病不顺遂，皆由过去造作之恶因所显发的恶果。

相传药师如来与日光、月光菩萨本为父子，久远劫前曾于电光如来法运中勤修梵行，受电光如来咐嘱分别改名为医王与日照、月照，发无上菩提大愿，誓救六道一切有情出轮回苦。

「十二药叉大将」是药师如来的分身，或其眷属，是围绕于本尊的守护者，又称药师十二神将，是顺应药师如来之十二大愿而化现之羯摩神。《藥師琉璃光如來本願功德經》，爾時眾中有十二藥叉大將，所謂：

宮毘羅大將  伐折羅大將
迷企羅大將  安底羅大將
頞儞羅大將  珊底羅大將
因達羅大將  波夷羅大將
摩虎羅大將  真達羅大將
招杜羅大將  毘羯羅大將

诵持药师咒即药师琉璃光如来灌顶咒，能去除病苦，消灾延寿，免除九横死之灾，并能消除一切罪业，命终往生东方清净琉璃世界，永不退转，直至成佛。